هناك طريقان لتسلسل دي إن أي، وكلتاهما تعتمدان على نقاط مرجع المأثرة التي تتم بشقّ إنزيم تقييد دي إن أي في سلسلة قصيرة معيّنة وبعد ذلك تحسب بقيّة السلسلة بقياس مسافة كلّ القاعدة من التي قطعت. يتم عمل هذا بتكوين مجموعة اعتبرت الجزئيات بشكل مشعّ، كلّ منها يمدّد من النقطة المشتركة إلى إحدى حوادث قاعدة معيّنة. عند ما تنفصل هذه الجزئيات بأحجام متباينة يتم التعرف عليها بالكشف عن نشاطها الإشعائي، فطول الأصغر الواحد يبين موقع الحدوث الأول لتلك القاعدة، وتقابل الجزئيات الأطول حوادث تالية. النمط المتبع هذا يقوم بتحليل هذه الجزئيات لتبدو بشكل سلّم. من مواقع الدرجات واحد تقرأ الأطوال، بمقارنة أربعة مثل هذه الأنماط واحد تقرأ سلسلة.
أسلوب واحد، ابتكر من قبل ألان إم. ماكسام و (جلبرت)، إذ يستعمل الكواشف الكيميائية التي تكتشف الخواص الكيمياوية المختلفة للقواعد وتكسر (دي إن أي - DNA - ). لتوليد مجموعة الأجزاء التي ردود أفعالها تعمل لفترة قصيرة، ولكي يكون كسر الجزئية نادرا بدلا من كل مكان القاعدة، ستكسر الجزئيات المختلفة في الأماكن المختلفة. أربع مجموعات مختلفة من الكواشف تستعمل لتوليد الأنماط الأربعة.
طريقة التسلسل الأخرى، ابتكر من قبل فريدريك سانجير لمختبر مجلس البحث الطبي البريطاني لعلم الأحياء الجزئيي في كامبردج، إذ يتم عمل نسخة (دي إن أي - DNA - ) بأنزيم ويوقف التأليف المتسلسل، ولذلك يتم إطالة النسخة، بمنع حركة الإنزيم في قاعدة معيّنة. هنا العلامة المشعّة متّحدة في الجزئية المركّبة حديثا في أربعة ردود أفعال مختلفة.
كلتا الطريقتين يمكنها تزويد سلسلة من 200 إلى 300 قاعدة في تجربة واحدة. تم إشراك plasmids صغير في تجارب استنساخ رتّبت في سنة من قبل جريجوري سوتكليف، الذي حسب طلب القواعد ال 357، 4 على ساحل واحد وفحصهم بحساب